大地震の後に、マンションを浸していた「黒い水」。建物の外に出ることを試み、その水に飛び込んだ人間は、「これは水じゃない！」という言葉を残し死んでいった。一方で主人公・スーの友人・キリコは、マンションの屋上で数人の子供たちと遭遇。「時間から逃げている…」という彼らの一人は、年齢を問われると「258くらい…」と言う。不可解な出来事の連続する中、「黒い水」は引いていった。そして外に出たスーたちの目の前に現れたのは、『定礎2059年…』と書かれた礎石がある荒廃した街だった！ディープ・インパクト第2集！！