待望のブラック・ラグーン、外伝が登場！ ロアナプラにふらりと現れた、場違いな米・大富豪の娘・トリシア…彼女が運命に導かれるように「イエロー・フラッグ」へと足を踏み入れてしまったから、さあ大変！ トリシアを巡って、米ＣＩＡや中国マフィアが動きだし、ラグーン商会の面々も、首を突っ込む事態に。さらには、ロアナプラの謎男・ロットンの怪行動によって、事件は複雑化の一途。
それぞれの陣営の思惑が絡み合い、ロアナプラの街に血煙が舞う！ 果たして、シェンホアの刀はうなり、ソーヤーのチェーンソーを振りかざされ、レヴィのソード・カトラスも轟音を響かせる！ そして、ロックは…なんと、暴力教会のＣＩＡ工作員・エダと、マジで命のやりとりをせざるをえない事態に！？
混沌とする状況を打破できるのは、果たして一体誰なのか？